综合医疗保险、住院医疗保险、农民工医疗保险三者的区别：
1.综合医疗保险：
深户和非深户均可参加。交费比较多，深圳户口必须参加综合医保。可以药店买药，看门诊，住院，还可以享受大病门诊报销和生育保险。外地城镇户口也可以买综合医疗保险，只要工作单位愿意。
2.住院医疗保险：
外地城镇户口必须参加住院医保，交的比综合医保少。可以享受少量的门诊报销，有生育保险待遇，外地农户，单位愿意也可以参加这个住院医疗保险，主要是针对非深圳户口来缴纳的。住院可以报销大部分费用，不包含生育险。可看门诊，但需要到绑定的社康中心看。
概括地说，深户的综合医保和非深户的住院医保，在住院报销待遇上是一样的，只是深户的综合医保有个人帐户，可以去药店买药，还可以报销一些门诊费用，还含有生育险，可以报销生育费用。非深户的住院医保，只有住院才可以报销，没有个人帐户，没有门诊报销，没有生育险。
3.农民工医疗保险(俗称劳务工医疗保险，又称合作医疗保险)：
这针对外地农户的，住院待遇相对较低，有少量的门诊补贴，享受住院报销，但是报销比例和限额没有上面两种医保高，并且在医院的选择上没有上面的多。看门诊需要到绑定社康看病，不含生育保险。外地农户，单位至少要给参加劳务工医保，单位愿意的话，可以选择成住院医保，外地城镇户口最少都要是住院医保，单位愿意，可以参加综合医保。
以上这三个医保住院都是可以报销的，住院报销上综合跟住院是一样的，但是合作的住院报销待遇比前两个就低了，并且医院的选择上没有前两个多，只能去指定的社康医院就医，不能直接去大医院的。
农民工医保，报销比例是没有城镇医保的高。城镇职工医保和城镇居民医保，这两种报销比例不同，总的来说职工医保高于居民医保，职工普遍能达到80%，居民50%这个平均水平。至于具体比例和参保人的年龄和住院医院等级有关系，年龄越大、医院等级越低报销比例越高。(所称农民工，是指在本市就业的非本市户籍的非城镇户籍员工。)
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