第一，保障范围区别
深户和非深户均可参加。交费比较多，深圳户口必须参加综合医保。可以药店买药，看门诊，住院，还可以享受大病门诊报销和住院医疗保险：
外地城镇户口必须参加住院医保，交的比综合医保少。可以享受少量的门诊报销，有生育保险待遇，外地农户，单位愿意也可以参加这个住院医疗保险，主要是针对非深圳户口来缴纳的。住院可以报销大部分费用，不包含生育险。可看门诊，但需要到绑定的社康中心看。
概括地说，深户的综合医保和非深户的住院医保，在住院报销待遇上是一样的，只是深户的综合医保有个人帐户，可以去药店买药，还可以报销一些门诊费用，还含有生育险，可以报销生育费用。非深户的住院医保，只有住院才可以报销，没有个人帐户，没有门诊报销，没有生育险。
农民工医疗保险(俗称劳务工医疗保险，又称合作医疗保险)：
这针对外地农户的，住院待遇相对较低，有少量的门诊补贴，享受住院报销，但是报销比例和限额没有上面两种医保高，并且在医院的选择上没有上面的多。看门诊需要到绑定社康看病，不含生育保险。外地农户，单位至少要给参加劳务工医保，单位愿意的话，可以选择成住院医保，外地城镇户口最少都要是住院医保，单位愿意，可以参加综合医保。
以上这三个医保住院都是可以报销的，住院报销上综合跟住院是一样的，但是合作的住院报销待遇比前两个就低了，并且医院的选择上没有前两个多，只能去指定的社康医院就医，不能直接去大医院的。
农民工医保，报销比例是没有城镇医保的高。城镇职工医保和城镇居民医保，这两种报销比例不同，总的来说职工医保高于居民医保，职工普遍能达到80%，居民50%这个平均水平。至于具体比例和参保人的年龄和住院医院等级有关系，年龄越大、医院等级越低报销比例越高。(所称农民工，是指在本市就业的非本市户籍的非城镇户籍员工。)
第二，缴费比例区别
综合医疗保险：
个人交2%，基数最低为2173元(按3621元*60%算)，每个月从工资中代扣43.46元。单位交5%(综合险+地方补充+生育保险)即108.65元。个人和单位一共交费152.11元/月。综合医疗保险最全面，包括门诊、住院、生育保险。可以任选一家定点医疗机构就医。每个月交的费用要比住院医疗、合作医疗多很多。
住院医疗保险：
个人交0.2%,基数为2173元，每个月从工资中代扣4.346元。单位交0.7%,即15.211元。个人和单位一共交费19.557元/月。大病、住院的待遇跟综合一样，看门诊需要到绑定的社康看，一年门诊费用上限为800。
注：综合医疗保险缴费以员工的每月工资总额为基数，但不得高于市上年度在岗职工月平均工资的300%，不得低于市上年度在岗职工平均工资的60%，高于或低于者，则分别按300%或60%为基数。
