推行排污权有偿使用和交易
生态改革方面，改革计划披露，深圳将加快调整产业结构，促进经济发展方式转变，提升城市生态发展质量。尽快出台主要污染物排污权有偿使用和交易管理办法及主要污染物排污权有偿使用和交易实施方案以及配套制度，积极稳妥推进排污权试运行。
计划还提出，开展环境污染责任保险试点，出台环境污染责任保险工作实施方案，建立行业风险评估机制、污染责任事故的责任认定机制与定损机制，探索保险业支持环保公益事业发展的模式和环境保护的经济手段，为下一步在高环境风险行业领域推广环境污染责任强制险积累经验。
创新深港合作办医体制机制
医疗体制改革方面，改革计划特别提出，深圳将创新深港合作办医体制机制，探索公益机构国际合作新路径。具体而言，深圳将积极借鉴香港管理制度，以香港大学深圳医院为试点，积极推动国际合作办医机构在机构编制、治理结构、人事薪酬等方面进行管理体制机制创新。加强深港在合作管理医院和引进香港先进医科专科方面的协调和合作机制，推进香港大学深圳医院的有关制度建设。
推动市慈善会去行政化改革
国内慈善机构的“半官方化”问题长期以来遭受诟病。此次深圳在改革计划中提出，将创新全市慈善管理体制，进一步完善《深圳经济特区捐赠公益事业管理条例》，明确公益慈善组织的社会功能和作用，运用税收、地价、补贴政策鼓励冠名、公益信托和公益创投等捐赠方式聚集社会资本。(来源:南方都市报南都网)
计划提出，将建立公益慈善类联合组织，规范公益慈善类社会组织法人治理结构，推动市慈善会去行政化改革，明确其独立承担的法律责任和违规惩罚措施。建设公益慈善信息公开平台，加强对公益慈善组织的年检和评估工作，推动形成法律监督、行政监管、财务和审计监督、舆论监督、公众监督、行业自律相结合的公益慈善组织监督管理机制。
建立全市统一信用信息平台
目前，由于信用系统分散在银行、公安等多处，整个征信体系尚未完全建立。深圳在改革计划中提出，将建立全市统一的信用信息平台，由专门机构负责统筹推进平台建设。制定完善企业及个人诚信信息的征集、管理、使用制度。整合现有信用信息平台，逐步实现全市范围内的人民银行、市场监管、公安、法院、检察院、财政、税务、海关、商务、规划国土、建设、监察、药品监管等部门以及企业、社会组织之间信用信息的互通共享。逐步扩大征信范围，提高征信质量，促进共享共用。完善对失信行为的惩戒机制。
建立舆论监督快速反应机制
深圳提出将积极发挥舆论监督作用，提高公共事务的公众参与度。根据计划，深圳将“建立完善的舆论应对和舆论监督反馈机制，提高舆论引导的及时性、权威性和公信力、影响力，发挥媒体宣传党的主张、弘扬社会正气、通达社情民意、引导社会热点、疏导公众情绪、强化舆论监督的重要作用，推进舆论监督与行政监督相结合，建立政府职能部门对舆论监督的快速反应机制，使舆论监督取得实效。
执法衔接司法避免以罚代刑
在执法方面，改革计划提到，深圳将加大行政执法与刑事司法衔接力度，建立健全监督机制，确保行政执法中发现的刑事犯罪及时移交司法机关，避免降格处理和以罚代刑，更好地维护市场经济秩序和人民群众的合法权益，促进依法行政和公正司法。作为配套举措，深圳还建立市区一体的“两法衔接”工作信息共享平台，实现市、区两级行政执法与刑事司法相衔接，逐步实现全市所有具有执法权的行政机关与公安机关、检察机关的执法、司法信息互联互通。
